Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.632e-6■■■■■ 100.6
SF3B1O75533 NGLY1-205ENST00000417874 2062 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.132e-6■■■■■ 100.6
SF3B1O75533 NGLY1-214ENST00000493324 3058 ntTSL 212.26□□□□□ -0.452e-6■■■■■ 100.6
SF3B1O75533 NGLY1-203ENST00000308710 2086 ntTSL 1 (best)8.82□□□□□ -12e-6■■■■■ 100.6
SF3B1O75533 NGLY1-201ENST00000280699 1897 ntTSL 57.47□□□□□ -1.212e-6■■■■■ 100.6
SF3B1O75533 DDB1-217ENST00000540166 3906 ntTSL 28.8□□□□□ -14e-6■■■■■ 100.6
SF3B1O75533 PCGF3-211ENST00000484141 566 ntTSL 218.28■□□□□ 0.522e-6■■■■■ 100.6
SF3B1O75533 SSBP2-210ENST00000508912 256 ntTSL 25.8□□□□□ -1.483e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 SSBP2-206ENST00000506960 685 ntTSL 22.44□□□□□ -2.023e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.932e-13■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 LNPK-210ENST00000483230 252 ntTSL 528.28■■■□□ 2.122e-13■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 LRCH3-208ENST00000443727 611 ntTSL 422.04■■□□□ 1.122e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 CTSD-206ENST00000497544 783 ntTSL 221.53■■□□□ 1.041e-9■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 XRRA1-219ENST00000534041 571 ntTSL 421.47■■□□□ 1.032e-7■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 CBFA2T3-206ENST00000563920 1815 ntTSL 218.34■□□□□ 0.531e-9■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 MIGA2-210ENST00000483458 2532 ntTSL 218.11■□□□□ 0.494e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 CERS2-208ENST00000460664 850 ntTSL 316.35■□□□□ 0.211e-9■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 SLC25A28-203ENST00000479722 581 ntTSL 215.94■□□□□ 0.142e-13■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 CERS2-204ENST00000368949 1002 ntTSL 515.13■□□□□ 0.011e-9■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 SEMA4B-201ENST00000332496 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.074e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 MTMR3-204ENST00000401950 6018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.144e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 SLC25A28-202ENST00000434701 1005 ntTSL 512.95□□□□□ -0.342e-13■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 MTMR3-201ENST00000323630 5866 ntTSL 5 BASIC12.94□□□□□ -0.344e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 AC010601.1-201ENST00000569048 446 ntTSL 5 BASIC12.62□□□□□ -0.394e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 AP4B1-207ENST00000460653 330 ntTSL 312.61□□□□□ -0.391e-9■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 MTMR3-202ENST00000333027 8906 ntTSL 5 BASIC12.36□□□□□ -0.434e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 MTMR3-203ENST00000351488 4464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.554e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 GFM2-206ENST00000509097 1004 ntTSL 1 (best)10.95□□□□□ -0.661e-9■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 RAD54L-202ENST00000442598 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.33□□□□□ -0.764e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 ERCC5-202ENST00000375954 2986 ntTSL 5 BASIC9.96□□□□□ -0.814e-7■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 LNPK-205ENST00000445472 639 ntTSL 49.94□□□□□ -0.822e-13■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 RAD54L-201ENST00000371975 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.31□□□□□ -0.924e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 SLC25A28-204ENST00000496035 744 ntTSL 39.16□□□□□ -0.942e-13■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 RAD54L-207ENST00000473251 834 ntTSL 39.1□□□□□ -0.954e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 AP4B1-210ENST00000479285 1940 ntTSL 28.99□□□□□ -0.971e-9■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 LARP4B-203ENST00000412411 432 ntTSL 38.83□□□□□ -11e-9■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 MTMR3-205ENST00000406629 3758 ntTSL 5 BASIC8.54□□□□□ -1.044e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 LNPK-206ENST00000466445 554 ntTSL 48.49□□□□□ -1.052e-13■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 RAD54L-208ENST00000476687 574 ntTSL 28.02□□□□□ -1.134e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 TMEM245-203ENST00000472207 3261 ntTSL 27.35□□□□□ -1.231e-9■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 EPC1-204ENST00000462470 447 ntTSL 52.52□□□□□ -2.011e-9■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 SFI1-228ENST00000524296 2108 ntTSL 516.09■□□□□ 0.178e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 U2SURP-211ENST00000488497 3557 ntTSL 1 (best)7.18□□□□□ -1.263e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 U2SURP-208ENST00000473835 7276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.623e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 U2SURP-214ENST00000493598 3491 ntTSL 5 BASIC4.85□□□□□ -1.633e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 U2SURP-203ENST00000463563 4364 ntTSL 22.61□□□□□ -1.993e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.433e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 HPCAL1-203ENST00000419810 4781 ntTSL 1 (best)13.42□□□□□ -0.263e-6■■■■■ 100.5
SF3B1O75533 USP6NL-205ENST00000609104 11377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.272e-6■■■■■ 100.4
SF3B1O75533 PTK2-212ENST00000519419 4439 ntTSL 5 BASIC5.18□□□□□ -1.582e-6■■■■■ 100.4
SF3B1O75533 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.157e-6■■■■■ 100.4
SF3B1O75533 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.32e-6■■■■■ 100.4
SF3B1O75533 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 100.4
SF3B1O75533 HERC2-201ENST00000261609 15337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.28□□□□□ -1.242e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 CLOCK-202ENST00000381322 4059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.1□□□□□ -0.953e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 CLOCK-201ENST00000309964 10304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.33□□□□□ -1.883e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 CLOCK-205ENST00000506747 1337 ntTSL 1 (best)3.05□□□□□ -1.923e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.262e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 RAPGEF6-207ENST00000507093 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.283e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 RAPGEF6-214ENST00000515170 4103 ntTSL 210.23□□□□□ -0.773e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 RAPGEF6-215ENST00000627212 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.9□□□□□ -0.823e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 RAPGEF6-208ENST00000509018 8357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.43□□□□□ -1.223e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 RAPGEF6-201ENST00000296859 5618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.713e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 RAPGEF6-202ENST00000308008 4176 ntTSL 1 (best) BASIC3.24□□□□□ -1.893e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 NPLOC4-215ENST00000574095 277 ntTSL 328.56■■■□□ 2.168e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SEPT9-218ENST00000587514 540 ntTSL 524.02■■□□□ 1.444e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 LIN54-208ENST00000509748 729 ntTSL 523.28■■□□□ 1.324e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 TMC8-207ENST00000591144 772 ntTSL 322.68■■□□□ 1.228e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SEPT9-229ENST00000590576 583 ntTSL 322.3■■□□□ 1.164e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SEPT9-230ENST00000590586 572 ntTSL 422.3■■□□□ 1.164e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 KRI1-202ENST00000432197 885 ntTSL 520.86■□□□□ 0.938e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SEPT9-222ENST00000589070 582 ntTSL 320.3■□□□□ 0.844e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 BAIAP3-209ENST00000565665 564 ntTSL 420.22■□□□□ 0.838e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 DHX33-204ENST00000574023 2040 ntTSL 1 (best)19.66■□□□□ 0.748e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SEPT9-241ENST00000591934 553 ntTSL 419.02■□□□□ 0.644e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 PRDM10-206ENST00000527581 620 ntTSL 318.29■□□□□ 0.528e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 MAPKBP1-212ENST00000510535 908 ntTSL 418.23■□□□□ 0.518e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.58e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SEPT9-231ENST00000590595 569 ntTSL 317.72■□□□□ 0.434e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.388e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.258e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 ACOT7-207ENST00000473466 868 ntTSL 516.11■□□□□ 0.178e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SNAPC4-202ENST00000637388 1398 ntTSL 515.82■□□□□ 0.128e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SEPT9-217ENST00000587237 548 ntTSL 515.8■□□□□ 0.124e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SEPT9-240ENST00000591833 576 ntTSL 415.73■□□□□ 0.114e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 DHX33-203ENST00000572490 2564 ntTSL 1 (best)15.5■□□□□ 0.078e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 IPO8-201ENST00000256079 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.048e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 MAPKBP1-215ENST00000514566 5394 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -08e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SEPT9-242ENST00000592098 503 ntTSL 414.52□□□□□ -0.084e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 MAPKBP1-210ENST00000507762 544 ntTSL 314.52□□□□□ -0.088e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 MAPKBP1-203ENST00000502292 2509 ntTSL 514.3□□□□□ -0.128e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 TAF4-205ENST00000488539 645 ntTSL 514.17□□□□□ -0.148e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 MAPKBP1-206ENST00000505061 5931 ntTSL 213.93□□□□□ -0.188e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 CLPB-213ENST00000544382 982 ntTSL 513.84□□□□□ -0.194e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 TMC8-201ENST00000318430 4411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.238e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 WIPI2-207ENST00000471851 2523 ntTSL 213.39□□□□□ -0.278e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 CLPB-208ENST00000538021 1108 ntTSL 1 (best)12.44□□□□□ -0.424e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 DHX33-205ENST00000575153 2416 ntTSL 1 (best)12.38□□□□□ -0.438e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 KRI1-209ENST00000539027 582 ntTSL 512.27□□□□□ -0.458e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 MAPKBP1-214ENST00000512970 4804 ntTSL 212.07□□□□□ -0.488e-7■■■■■ 100.3
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1706.9 ms