Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC87Q9NVE4 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC87Q9NVE4 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC87Q9NVE4 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC87Q9NVE4 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms