Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC27.33■■□□□ 1.97
NUP88Q99567 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC27.29■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NUP88Q99567 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
NUP88Q99567 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC27.2■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC27.18■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
NUP88Q99567 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms