Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
VPS53Q5VIR6 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VPS53Q5VIR6 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS53Q5VIR6 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS53Q5VIR6 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS53Q5VIR6 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS53Q5VIR6 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS53Q5VIR6 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS53Q5VIR6 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VPS53Q5VIR6 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VPS53Q5VIR6 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VPS53Q5VIR6 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC28■■■□□ 2.07
VPS53Q5VIR6 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC28■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms