Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHD9Q3L8U1 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHD9Q3L8U1 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHD9Q3L8U1 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
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