Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
SCN9AQ15858 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN9AQ15858 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN9AQ15858 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
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