Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SP140Q13342 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SP140Q13342 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SP140Q13342 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SP140Q13342 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SP140Q13342 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SP140Q13342 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SP140Q13342 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SP140Q13342 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SP140Q13342 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SP140Q13342 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SP140Q13342 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SP140Q13342 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SP140Q13342 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SP140Q13342 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SP140Q13342 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SP140Q13342 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SP140Q13342 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SP140Q13342 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SP140Q13342 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SP140Q13342 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SP140Q13342 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SP140Q13342 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
SP140Q13342 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SP140Q13342 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SP140Q13342 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SP140Q13342 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SP140Q13342 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SP140Q13342 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SP140Q13342 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SP140Q13342 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SP140Q13342 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SP140Q13342 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SP140Q13342 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SP140Q13342 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SP140Q13342 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SP140Q13342 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SP140Q13342 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SP140Q13342 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SP140Q13342 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SP140Q13342 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SP140Q13342 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SP140Q13342 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SP140Q13342 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SP140Q13342 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SP140Q13342 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SP140Q13342 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SP140Q13342 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SP140Q13342 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SP140Q13342 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SP140Q13342 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SP140Q13342 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SP140Q13342 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SP140Q13342 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SP140Q13342 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SP140Q13342 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SP140Q13342 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SP140Q13342 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SP140Q13342 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SP140Q13342 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SP140Q13342 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
SP140Q13342 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SP140Q13342 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SP140Q13342 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SP140Q13342 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SP140Q13342 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SP140Q13342 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SP140Q13342 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SP140Q13342 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SP140Q13342 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SP140Q13342 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SP140Q13342 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SP140Q13342 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SP140Q13342 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SP140Q13342 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SP140Q13342 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SP140Q13342 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SP140Q13342 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SP140Q13342 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SP140Q13342 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SP140Q13342 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SP140Q13342 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SP140Q13342 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SP140Q13342 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SP140Q13342 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SP140Q13342 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms