Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL7A1Q02388 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC16.96■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL7A1Q02388 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 141.1 ms