Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSX1P28360 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX1P28360 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX1P28360 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX1P28360 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX1P28360 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX1P28360 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX1P28360 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX1P28360 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX1P28360 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX1P28360 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
MSX1P28360 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX1P28360 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX1P28360 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX1P28360 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX1P28360 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX1P28360 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX1P28360 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX1P28360 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX1P28360 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX1P28360 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX1P28360 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
MSX1P28360 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX1P28360 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX1P28360 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
MSX1P28360 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSX1P28360 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSX1P28360 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSX1P28360 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSX1P28360 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
MSX1P28360 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
MSX1P28360 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
MSX1P28360 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSX1P28360 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSX1P28360 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSX1P28360 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSX1P28360 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSX1P28360 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
MSX1P28360 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
MSX1P28360 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
MSX1P28360 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
MSX1P28360 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
MSX1P28360 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
MSX1P28360 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSX1P28360 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
MSX1P28360 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
MSX1P28360 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
MSX1P28360 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSX1P28360 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
MSX1P28360 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
MSX1P28360 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
MSX1P28360 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC21.3■■□□□ 1
MSX1P28360 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
MSX1P28360 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
MSX1P28360 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
MSX1P28360 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
MSX1P28360 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
MSX1P28360 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
MSX1P28360 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
MSX1P28360 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
MSX1P28360 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
MSX1P28360 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
MSX1P28360 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
MSX1P28360 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
MSX1P28360 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
MSX1P28360 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
MSX1P28360 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
MSX1P28360 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
MSX1P28360 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
MSX1P28360 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
MSX1P28360 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
MSX1P28360 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
MSX1P28360 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
MSX1P28360 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
MSX1P28360 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
MSX1P28360 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms