Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC41.21■■■■■ 4.19
CCDC88BA6NC98 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.19■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC41.19■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.19■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.18■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.18■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.18■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC41.18■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.18■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC41.18■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC41.17■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC41.17■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.17■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC41.17■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.17■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC41.16■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.16■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.16■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC41.16■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.16■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC41.16■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC41.16■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC41.16■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC41.16■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.15■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.15■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC41.15■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC41.15■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.15■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC41.15■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.14■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.14■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.14■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC41.14■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC41.14■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC41.13■■■■■ 4.18
CCDC88BA6NC98 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC41.13■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.13■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC41.12■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC41.12■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC41.11■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC41.11■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.11■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC41.11■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.11■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC41.1■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC41.1■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC41.1■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC41.1■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.1■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC41.1■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC41.09■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC41.09■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.09■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC41.09■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.08■■■■■ 4.17
CCDC88BA6NC98 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC41.07■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC41.07■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.06■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.06■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC41.06■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC41.06■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC41.06■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC41.05■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC41.05■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC41.05■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.05■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC41.05■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC41.05■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.04■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.04■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC41.04■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.04■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC41.03■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC41.03■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC41.03■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC41.03■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC41.03■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.03■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.02■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.02■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC41.02■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.02■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.02■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.02■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC41.02■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC41.02■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC41.01■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC41.01■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC41.01■■■■■ 4.16
CCDC88BA6NC98 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41■■■■■ 4.15
CCDC88BA6NC98 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41■■■■■ 4.15
CCDC88BA6NC98 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41■■■■■ 4.15
CCDC88BA6NC98 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC41■■■■■ 4.15
CCDC88BA6NC98 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC41■■■■■ 4.15
CCDC88BA6NC98 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC41■■■■■ 4.15
CCDC88BA6NC98 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.99■■■■■ 4.15
CCDC88BA6NC98 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC40.99■■■■■ 4.15
CCDC88BA6NC98 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC40.99■■■■■ 4.15
CCDC88BA6NC98 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC40.99■■■■■ 4.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms