Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 PTK6-202ENST00000542869 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ARMC5-204ENST00000538189 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ZBTB46-201ENST00000245663 5185 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TMEM239-202ENST00000380585 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS54Q9P1Q0 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms