Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 HOGA1-202ENST00000370646 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 ANKMY1-207ENST00000403283 2874 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 TMEM239-202ENST00000380585 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 TMED1-201ENST00000214869 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 CEP63-212ENST00000513612 2903 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 ASIC1-202ENST00000447966 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL9A3Q14050 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
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