Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 CAMKK2-211ENST00000538733 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 SALL3-205ENST00000575389 3996 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 WASHC2C-208ENST00000537517 4417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 POU5F1-204ENST00000471529 1723 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 KCNT1-211ENST00000491806 3678 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 HIPK4-201ENST00000291823 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 PDE4A-203ENST00000380702 4781 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 EXOC6B-209ENST00000634650 2583 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 B4GALNT1-201ENST00000341156 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 BLMH-201ENST00000261714 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 COL5A1-208ENST00000618395 8437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 MMRN2-201ENST00000372027 4375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 CNOT9-208ENST00000542068 3259 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 YTHDC1-202ENST00000355665 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 ZBTB32-202ENST00000392197 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 CNPY1-203ENST00000636372 2259 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 ARPP19-202ENST00000561650 3245 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 IGSF1-204ENST00000370903 4594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 SPEG-201ENST00000312358 10782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC39Q9UFE4 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PRKD2-206ENST00000595515 3012 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 VWA7-201ENST00000375688 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.6 ms