Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS4AQ9UN37 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms