Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM56Q9BRZ2 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.7■■□□□ 1.39
TRIM56Q9BRZ2 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM56Q9BRZ2 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms