Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP39Q53GS9 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.83■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP39Q53GS9 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.3 ms