Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A1P12109 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A1P12109 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL6A1P12109 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms