Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CLDN3O15551 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CLDN3O15551 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CLDN3O15551 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms