Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
ZNF540Q8NDQ6 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26.49■■□□□ 1.83
ZNF540Q8NDQ6 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
ZNF540Q8NDQ6 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
ZNF540Q8NDQ6 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
ZNF540Q8NDQ6 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
ZNF540Q8NDQ6 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
ZNF540Q8NDQ6 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
ZNF540Q8NDQ6 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
ZNF540Q8NDQ6 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
ZNF540Q8NDQ6 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
ZNF540Q8NDQ6 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
ZNF540Q8NDQ6 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
ZNF540Q8NDQ6 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
ZNF540Q8NDQ6 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF540Q8NDQ6 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF540Q8NDQ6 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF540Q8NDQ6 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
ZNF540Q8NDQ6 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
ZNF540Q8NDQ6 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF540Q8NDQ6 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
ZNF540Q8NDQ6 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
ZNF540Q8NDQ6 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
ZNF540Q8NDQ6 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
ZNF540Q8NDQ6 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
ZNF540Q8NDQ6 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
ZNF540Q8NDQ6 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
ZNF540Q8NDQ6 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
ZNF540Q8NDQ6 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
ZNF540Q8NDQ6 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.19■■□□□ 1.78
ZNF540Q8NDQ6 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
ZNF540Q8NDQ6 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
ZNF540Q8NDQ6 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
ZNF540Q8NDQ6 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
ZNF540Q8NDQ6 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
ZNF540Q8NDQ6 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
ZNF540Q8NDQ6 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
ZNF540Q8NDQ6 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
ZNF540Q8NDQ6 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
ZNF540Q8NDQ6 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
ZNF540Q8NDQ6 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
ZNF540Q8NDQ6 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
ZNF540Q8NDQ6 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
ZNF540Q8NDQ6 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
ZNF540Q8NDQ6 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
ZNF540Q8NDQ6 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
ZNF540Q8NDQ6 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
ZNF540Q8NDQ6 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
ZNF540Q8NDQ6 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
ZNF540Q8NDQ6 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
ZNF540Q8NDQ6 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
ZNF540Q8NDQ6 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
ZNF540Q8NDQ6 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
ZNF540Q8NDQ6 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
ZNF540Q8NDQ6 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
ZNF540Q8NDQ6 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
ZNF540Q8NDQ6 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
ZNF540Q8NDQ6 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
ZNF540Q8NDQ6 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
ZNF540Q8NDQ6 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
ZNF540Q8NDQ6 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
ZNF540Q8NDQ6 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
ZNF540Q8NDQ6 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
ZNF540Q8NDQ6 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
ZNF540Q8NDQ6 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
ZNF540Q8NDQ6 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
ZNF540Q8NDQ6 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
ZNF540Q8NDQ6 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
ZNF540Q8NDQ6 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
ZNF540Q8NDQ6 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
ZNF540Q8NDQ6 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
ZNF540Q8NDQ6 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
ZNF540Q8NDQ6 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
ZNF540Q8NDQ6 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
ZNF540Q8NDQ6 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
ZNF540Q8NDQ6 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
ZNF540Q8NDQ6 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
ZNF540Q8NDQ6 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
ZNF540Q8NDQ6 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
ZNF540Q8NDQ6 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
ZNF540Q8NDQ6 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
ZNF540Q8NDQ6 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
ZNF540Q8NDQ6 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
ZNF540Q8NDQ6 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
ZNF540Q8NDQ6 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
ZNF540Q8NDQ6 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
ZNF540Q8NDQ6 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
ZNF540Q8NDQ6 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
ZNF540Q8NDQ6 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
ZNF540Q8NDQ6 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF540Q8NDQ6 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF540Q8NDQ6 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
ZNF540Q8NDQ6 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
ZNF540Q8NDQ6 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF540Q8NDQ6 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF540Q8NDQ6 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
ZNF540Q8NDQ6 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
ZNF540Q8NDQ6 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
ZNF540Q8NDQ6 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
ZNF540Q8NDQ6 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms