Protein–RNA interactions for Protein: Q8NCR9

CLRN3, Clarin-3, humanhuman

Predictions only

Length 226 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLRN3Q8NCR9 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLRN3Q8NCR9 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLRN3Q8NCR9 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLRN3Q8NCR9 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLRN3Q8NCR9 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLRN3Q8NCR9 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLRN3Q8NCR9 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLRN3Q8NCR9 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLRN3Q8NCR9 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLRN3Q8NCR9 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLRN3Q8NCR9 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLRN3Q8NCR9 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLRN3Q8NCR9 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLRN3Q8NCR9 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLRN3Q8NCR9 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLRN3Q8NCR9 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLRN3Q8NCR9 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLRN3Q8NCR9 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLRN3Q8NCR9 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLRN3Q8NCR9 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLRN3Q8NCR9 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLRN3Q8NCR9 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CLRN3Q8NCR9 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CLRN3Q8NCR9 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CLRN3Q8NCR9 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CLRN3Q8NCR9 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CLRN3Q8NCR9 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CLRN3Q8NCR9 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CLRN3Q8NCR9 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CLRN3Q8NCR9 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CLRN3Q8NCR9 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CLRN3Q8NCR9 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CLRN3Q8NCR9 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CLRN3Q8NCR9 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CLRN3Q8NCR9 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CLRN3Q8NCR9 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CLRN3Q8NCR9 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CLRN3Q8NCR9 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CLRN3Q8NCR9 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CLRN3Q8NCR9 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CLRN3Q8NCR9 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CLRN3Q8NCR9 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CLRN3Q8NCR9 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CLRN3Q8NCR9 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CLRN3Q8NCR9 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CLRN3Q8NCR9 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CLRN3Q8NCR9 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CLRN3Q8NCR9 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CLRN3Q8NCR9 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CLRN3Q8NCR9 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CLRN3Q8NCR9 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CLRN3Q8NCR9 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CLRN3Q8NCR9 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CLRN3Q8NCR9 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CLRN3Q8NCR9 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CLRN3Q8NCR9 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CLRN3Q8NCR9 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CLRN3Q8NCR9 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CLRN3Q8NCR9 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CLRN3Q8NCR9 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CLRN3Q8NCR9 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CLRN3Q8NCR9 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLRN3Q8NCR9 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLRN3Q8NCR9 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CLRN3Q8NCR9 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLRN3Q8NCR9 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLRN3Q8NCR9 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLRN3Q8NCR9 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLRN3Q8NCR9 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLRN3Q8NCR9 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLRN3Q8NCR9 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLRN3Q8NCR9 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLRN3Q8NCR9 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLRN3Q8NCR9 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLRN3Q8NCR9 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLRN3Q8NCR9 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLRN3Q8NCR9 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLRN3Q8NCR9 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CLRN3Q8NCR9 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLRN3Q8NCR9 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLRN3Q8NCR9 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CLRN3Q8NCR9 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CLRN3Q8NCR9 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CLRN3Q8NCR9 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLRN3Q8NCR9 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLRN3Q8NCR9 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLRN3Q8NCR9 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLRN3Q8NCR9 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLRN3Q8NCR9 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLRN3Q8NCR9 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLRN3Q8NCR9 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLRN3Q8NCR9 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLRN3Q8NCR9 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLRN3Q8NCR9 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLRN3Q8NCR9 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CLRN3Q8NCR9 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CLRN3Q8NCR9 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CLRN3Q8NCR9 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CLRN3Q8NCR9 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CLRN3Q8NCR9 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms