Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC32.62■■■□□ 2.81
USP49Q70CQ1 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
USP49Q70CQ1 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
USP49Q70CQ1 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
USP49Q70CQ1 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
USP49Q70CQ1 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
USP49Q70CQ1 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
USP49Q70CQ1 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
USP49Q70CQ1 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
USP49Q70CQ1 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
USP49Q70CQ1 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC32.44■■■□□ 2.78
USP49Q70CQ1 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
USP49Q70CQ1 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
USP49Q70CQ1 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
USP49Q70CQ1 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
USP49Q70CQ1 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
USP49Q70CQ1 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
USP49Q70CQ1 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.77
USP49Q70CQ1 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC32.3■■■□□ 2.76
USP49Q70CQ1 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
USP49Q70CQ1 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
USP49Q70CQ1 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.26■■■□□ 2.75
USP49Q70CQ1 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
USP49Q70CQ1 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC32.24■■■□□ 2.75
USP49Q70CQ1 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
USP49Q70CQ1 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC32.23■■■□□ 2.75
USP49Q70CQ1 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
USP49Q70CQ1 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
USP49Q70CQ1 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC32.19■■■□□ 2.74
USP49Q70CQ1 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC32.17■■■□□ 2.74
USP49Q70CQ1 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
USP49Q70CQ1 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC32.13■■■□□ 2.73
USP49Q70CQ1 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
USP49Q70CQ1 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
USP49Q70CQ1 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
USP49Q70CQ1 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
USP49Q70CQ1 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.05■■■□□ 2.72
USP49Q70CQ1 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
USP49Q70CQ1 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
USP49Q70CQ1 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
USP49Q70CQ1 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
USP49Q70CQ1 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
USP49Q70CQ1 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
USP49Q70CQ1 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
USP49Q70CQ1 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
USP49Q70CQ1 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC31.94■■■□□ 2.7
USP49Q70CQ1 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
USP49Q70CQ1 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC31.93■■■□□ 2.7
USP49Q70CQ1 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
USP49Q70CQ1 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.92■■■□□ 2.7
USP49Q70CQ1 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.91■■■□□ 2.7
USP49Q70CQ1 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC31.91■■■□□ 2.7
USP49Q70CQ1 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
USP49Q70CQ1 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
USP49Q70CQ1 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
USP49Q70CQ1 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
USP49Q70CQ1 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
USP49Q70CQ1 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.86■■■□□ 2.69
USP49Q70CQ1 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
USP49Q70CQ1 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
USP49Q70CQ1 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC31.85■■■□□ 2.69
USP49Q70CQ1 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
USP49Q70CQ1 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
USP49Q70CQ1 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
USP49Q70CQ1 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
USP49Q70CQ1 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
USP49Q70CQ1 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
USP49Q70CQ1 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC31.75■■■□□ 2.67
USP49Q70CQ1 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
USP49Q70CQ1 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC31.74■■■□□ 2.67
USP49Q70CQ1 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
USP49Q70CQ1 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
USP49Q70CQ1 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC31.72■■■□□ 2.67
USP49Q70CQ1 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC31.72■■■□□ 2.67
USP49Q70CQ1 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
USP49Q70CQ1 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
USP49Q70CQ1 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
USP49Q70CQ1 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
USP49Q70CQ1 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.66■■■□□ 2.66
USP49Q70CQ1 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
USP49Q70CQ1 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
USP49Q70CQ1 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
USP49Q70CQ1 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
USP49Q70CQ1 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.63■■■□□ 2.65
USP49Q70CQ1 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
USP49Q70CQ1 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.59■■■□□ 2.65
USP49Q70CQ1 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
USP49Q70CQ1 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
USP49Q70CQ1 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
USP49Q70CQ1 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC31.57■■■□□ 2.64
USP49Q70CQ1 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
USP49Q70CQ1 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
USP49Q70CQ1 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
USP49Q70CQ1 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
USP49Q70CQ1 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
USP49Q70CQ1 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.54■■■□□ 2.64
USP49Q70CQ1 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
USP49Q70CQ1 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
USP49Q70CQ1 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
USP49Q70CQ1 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC31.52■■■□□ 2.64
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