Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC34.71■■■■□ 3.15
VPS53Q5VIR6 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC34.7■■■■□ 3.15
VPS53Q5VIR6 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC34.68■■■■□ 3.14
VPS53Q5VIR6 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
VPS53Q5VIR6 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
VPS53Q5VIR6 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC34.62■■■■□ 3.13
VPS53Q5VIR6 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
VPS53Q5VIR6 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
VPS53Q5VIR6 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.13
VPS53Q5VIR6 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC34.57■■■■□ 3.12
VPS53Q5VIR6 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
VPS53Q5VIR6 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
VPS53Q5VIR6 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
VPS53Q5VIR6 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC34.45■■■■□ 3.1
VPS53Q5VIR6 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC34.4■■■■□ 3.1
VPS53Q5VIR6 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
VPS53Q5VIR6 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
VPS53Q5VIR6 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
VPS53Q5VIR6 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
VPS53Q5VIR6 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
VPS53Q5VIR6 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC34.35■■■■□ 3.09
VPS53Q5VIR6 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
VPS53Q5VIR6 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
VPS53Q5VIR6 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC34.35■■■■□ 3.09
VPS53Q5VIR6 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
VPS53Q5VIR6 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
VPS53Q5VIR6 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.09
VPS53Q5VIR6 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
VPS53Q5VIR6 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
VPS53Q5VIR6 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
VPS53Q5VIR6 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
VPS53Q5VIR6 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
VPS53Q5VIR6 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
VPS53Q5VIR6 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
VPS53Q5VIR6 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
VPS53Q5VIR6 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
VPS53Q5VIR6 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.24■■■■□ 3.07
VPS53Q5VIR6 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.24■■■■□ 3.07
VPS53Q5VIR6 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
VPS53Q5VIR6 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
VPS53Q5VIR6 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
VPS53Q5VIR6 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
VPS53Q5VIR6 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
VPS53Q5VIR6 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
VPS53Q5VIR6 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
VPS53Q5VIR6 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
VPS53Q5VIR6 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
VPS53Q5VIR6 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
VPS53Q5VIR6 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
VPS53Q5VIR6 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC34.12■■■■□ 3.05
VPS53Q5VIR6 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
VPS53Q5VIR6 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
VPS53Q5VIR6 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
VPS53Q5VIR6 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
VPS53Q5VIR6 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
VPS53Q5VIR6 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
VPS53Q5VIR6 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
VPS53Q5VIR6 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
VPS53Q5VIR6 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC34.01■■■■□ 3.03
VPS53Q5VIR6 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
VPS53Q5VIR6 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
VPS53Q5VIR6 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
VPS53Q5VIR6 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
VPS53Q5VIR6 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
VPS53Q5VIR6 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
VPS53Q5VIR6 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
VPS53Q5VIR6 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
VPS53Q5VIR6 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.9■■■■□ 3.02
VPS53Q5VIR6 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
VPS53Q5VIR6 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC33.86■■■■□ 3.01
VPS53Q5VIR6 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC33.85■■■■□ 3.01
VPS53Q5VIR6 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
VPS53Q5VIR6 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
VPS53Q5VIR6 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
VPS53Q5VIR6 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
VPS53Q5VIR6 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
VPS53Q5VIR6 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
VPS53Q5VIR6 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC33.74■■■□□ 2.99
VPS53Q5VIR6 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
VPS53Q5VIR6 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC33.71■■■□□ 2.99
VPS53Q5VIR6 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC33.7■■■□□ 2.98
VPS53Q5VIR6 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
VPS53Q5VIR6 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC33.69■■■□□ 2.98
VPS53Q5VIR6 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
VPS53Q5VIR6 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
VPS53Q5VIR6 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
VPS53Q5VIR6 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
VPS53Q5VIR6 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
VPS53Q5VIR6 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
VPS53Q5VIR6 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
VPS53Q5VIR6 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
VPS53Q5VIR6 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.59■■■□□ 2.97
VPS53Q5VIR6 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
VPS53Q5VIR6 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
VPS53Q5VIR6 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.57■■■□□ 2.96
VPS53Q5VIR6 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC33.54■■■□□ 2.96
VPS53Q5VIR6 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
VPS53Q5VIR6 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.54■■■□□ 2.96
VPS53Q5VIR6 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
VPS53Q5VIR6 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.2 ms