Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 RCC1-204ENST00000398958 2715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.657e-16■■■■■ 39.3
CPSF6Q16630 RCC1-203ENST00000373833 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.07□□□□□ -0.87e-16■■■■■ 39.3
CPSF6Q16630 SNHG3-201ENST00000413987 2201 ntTSL 1 (best)8.51□□□□□ -1.057e-16■■■■■ 39.3
CPSF6Q16630 FAM126B-205ENST00000453765 536 ntTSL 415.15■□□□□ 0.021e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 FAM126B-203ENST00000446678 522 ntTSL 313.18□□□□□ -0.31e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-217ENST00000549805 740 ntTSL 311.08□□□□□ -0.641e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 FAM126B-201ENST00000286181 4778 ntTSL 1 (best)10.78□□□□□ -0.681e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 FAM126B-207ENST00000485144 538 ntTSL 39.54□□□□□ -0.881e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-214ENST00000547595 313 ntTSL 29.45□□□□□ -0.91e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-219ENST00000551422 413 ntTSL 29.45□□□□□ -0.91e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-213ENST00000547341 595 ntTSL 39.37□□□□□ -0.911e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-216ENST00000549158 626 ntTSL 39.37□□□□□ -0.911e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-218ENST00000549932 555 ntTSL 29.18□□□□□ -0.941e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 KCNJ15-215ENST00000548700 304 ntTSL 38.85□□□□□ -0.991e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 FAM126B-211ENST00000498780 2209 ntTSL 28.25□□□□□ -1.091e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 DSCR8-205ENST00000472602 766 ntTSL 36.88□□□□□ -1.311e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 FAM126B-204ENST00000452799 692 ntTSL 36.31□□□□□ -1.41e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 FAM126B-202ENST00000418596 9333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.91□□□□□ -1.781e-6■■■■■ 39.2
CPSF6Q16630 RTF1-201ENST00000389629 5021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.152e-10■■■■■ 38.7
CPSF6Q16630 RPS6KC1-207ENST00000543470 4227 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.095e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 RPS6KC1-201ENST00000366959 5454 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.41□□□□□ -0.15e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 RPS6KC1-202ENST00000366960 5490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.41□□□□□ -0.15e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 RPS6KC1-208ENST00000614059 4188 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.165e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 RPS6KC1-206ENST00000543354 4082 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.185e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 RPS6KC1-209ENST00000615329 4022 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.375e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 AL589666.1-201ENST00000503906 835 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.545e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 RPS6KC1-204ENST00000490299 5154 ntTSL 1 (best)3.63□□□□□ -1.835e-10■■■■■ 37.5
CPSF6Q16630 SPTLC2-201ENST00000216484 8170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.077e-7■■■■■ 37.2
CPSF6Q16630 SPTLC2-205ENST00000556607 460 ntTSL 39.83□□□□□ -0.847e-7■■■■■ 37.2
CPSF6Q16630 PCF11-201ENST00000298281 7677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.54e-10■■■■■ 36.9
CPSF6Q16630 JUN-201ENST00000371222 3540 ntAPPRIS P1 BASIC13.68□□□□□ -0.222e-13■■■■■ 36.4
CPSF6Q16630 PICALM-215ENST00000531558 565 ntTSL 524.35■■□□□ 1.495e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.325e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.255e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-218ENST00000532041 699 ntTSL 321.4■■□□□ 1.025e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.265e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.155e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-210ENST00000528411 586 ntTSL 514.04□□□□□ -0.165e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-203ENST00000525162 548 ntTSL 49.29□□□□□ -0.925e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-217ENST00000531930 703 ntTSL 59.19□□□□□ -0.945e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-208ENST00000528256 563 ntTSL 48.72□□□□□ -1.015e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-223ENST00000534412 811 ntTSL 58.37□□□□□ -1.075e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-201ENST00000356360 1958 ntTSL 5 BASIC7.53□□□□□ -1.25e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 PICALM-209ENST00000528398 2049 ntTSL 2 BASIC5.26□□□□□ -1.575e-8■■■■■ 35.9
CPSF6Q16630 GCN1-207ENST00000550471 918 ntTSL 318.51■□□□□ 0.555e-18■■■■■ 35.6
CPSF6Q16630 GCN1-201ENST00000300648 8675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.625e-18■■■■■ 35.6
CPSF6Q16630 CAMTA1-209ENST00000476163 863 ntTSL 217.96■□□□□ 0.473e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.13e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CAMTA1-211ENST00000482934 743 ntTSL 312.16□□□□□ -0.463e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CAMTA1-206ENST00000470648 766 ntTSL 38.89□□□□□ -0.993e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CAMTA1-203ENST00000461580 826 ntTSL 37.32□□□□□ -1.243e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.082e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CPSF1-205ENST00000531042 580 ntTSL 514.57□□□□□ -0.082e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 CPSF1-212ENST00000616140 4494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.1□□□□□ -0.152e-9■■■■■ 35
CPSF6Q16630 GPAT4-201ENST00000396987 6298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.162e-22■■■■■ 34.8
CPSF6Q16630 PPHLN1-222ENST00000552794 579 ntTSL 418.49■□□□□ 0.559e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.439e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.129e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.039e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.049e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-206ENST00000395580 1693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.229e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-219ENST00000552202 1290 ntTSL 1 (best)13.09□□□□□ -0.319e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-223ENST00000610488 1521 ntTSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.339e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-218ENST00000551723 415 ntTSL 512.22□□□□□ -0.459e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-220ENST00000552429 560 ntTSL 212.09□□□□□ -0.479e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-216ENST00000551406 648 ntTSL 211.81□□□□□ -0.529e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-205ENST00000395568 2170 ntTSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.599e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-224ENST00000613154 1863 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC9.93□□□□□ -0.829e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-203ENST00000337898 1465 ntTSL 2 BASIC9.44□□□□□ -0.99e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-202ENST00000317560 1359 ntTSL 2 BASIC8.1□□□□□ -1.119e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-208ENST00000449194 1583 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.81□□□□□ -1.329e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-225ENST00000619544 1449 ntTSL 5 BASIC6.69□□□□□ -1.349e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-207ENST00000432191 3377 ntTSL 1 (best) BASIC6.58□□□□□ -1.369e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-209ENST00000546750 588 ntTSL 44.69□□□□□ -1.669e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 PPHLN1-212ENST00000547847 576 ntTSL 33.17□□□□□ -1.99e-10■■■■■ 34.4
CPSF6Q16630 HSP90AB2P-202ENST00000602906 1277 ntTSL 1 (best) BASIC8.63□□□□□ -1.035e-13■■■■■ 34.3
CPSF6Q16630 HSP90AB2P-201ENST00000507090 2176 ntBASIC7.66□□□□□ -1.185e-13■■■■■ 34.3
CPSF6Q16630 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.25e-9■■■■■ 33.7
CPSF6Q16630 ID2-203ENST00000396290 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.215e-9■■■■■ 33.7
CPSF6Q16630 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.033e-10■■■■■ 33.4
CPSF6Q16630 GIGYF2-216ENST00000428883 544 ntTSL 413.42□□□□□ -0.263e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-225ENST00000463554 1085 ntTSL 512.38□□□□□ -0.433e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-209ENST00000423659 2329 ntTSL 511.38□□□□□ -0.593e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-218ENST00000430720 561 ntTSL 49.86□□□□□ -0.833e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-212ENST00000425040 588 ntTSL 49.84□□□□□ -0.833e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-217ENST00000429187 606 ntTSL 39.32□□□□□ -0.923e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-223ENST00000456491 466 ntTSL 49.32□□□□□ -0.923e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-210ENST00000424038 626 ntTSL 39.32□□□□□ -0.923e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 GIGYF2-207ENST00000421433 564 ntTSL 57.15□□□□□ -1.263e-8■■■■■ 33.2
CPSF6Q16630 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.184e-8■■■■■ 33
CPSF6Q16630 PLD1-208ENST00000463281 694 ntTSL 48.82□□□□□ -16e-25■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 PLD1-202ENST00000351298 5604 ntTSL 1 (best) BASIC6.1□□□□□ -1.436e-25■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 PLD1-203ENST00000356327 5855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.626e-25■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 AL034397.3-202ENST00000621933 1815 ntTSL 1 (best) BASIC7.72□□□□□ -1.173e-33■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 AL034397.3-201ENST00000618234 1690 ntTSL 1 (best)6.6□□□□□ -1.353e-33■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 LINC01004-202ENST00000450686 538 ntTSL 3 BASIC9.29□□□□□ -0.921e-7■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 LINC01004-201ENST00000445184 686 ntTSL 5 BASIC7.5□□□□□ -1.211e-7■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.761e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.731e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.651e-8■■■■■ 32.5
Retrieved 100 of 2,582 protein–RNA pairs in 14 ms