Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC31.93■■■□□ 2.7
COL4A4P53420 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
COL4A4P53420 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.91■■■□□ 2.7
COL4A4P53420 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
COL4A4P53420 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
COL4A4P53420 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC31.86■■■□□ 2.69
COL4A4P53420 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC31.84■■■□□ 2.69
COL4A4P53420 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
COL4A4P53420 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC31.81■■■□□ 2.68
COL4A4P53420 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
COL4A4P53420 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC31.8■■■□□ 2.68
COL4A4P53420 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC31.77■■■□□ 2.68
COL4A4P53420 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC31.74■■■□□ 2.67
COL4A4P53420 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
COL4A4P53420 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC31.73■■■□□ 2.67
COL4A4P53420 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
COL4A4P53420 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC31.71■■■□□ 2.67
COL4A4P53420 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
COL4A4P53420 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
COL4A4P53420 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
COL4A4P53420 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
COL4A4P53420 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC31.54■■■□□ 2.64
COL4A4P53420 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC31.5■■■□□ 2.63
COL4A4P53420 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.47■■■□□ 2.63
COL4A4P53420 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
COL4A4P53420 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
COL4A4P53420 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
COL4A4P53420 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC31.41■■■□□ 2.62
COL4A4P53420 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC31.4■■■□□ 2.62
COL4A4P53420 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC31.36■■■□□ 2.61
COL4A4P53420 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC31.34■■■□□ 2.61
COL4A4P53420 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
COL4A4P53420 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC31.33■■■□□ 2.61
COL4A4P53420 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC31.32■■■□□ 2.6
COL4A4P53420 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
COL4A4P53420 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
COL4A4P53420 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
COL4A4P53420 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
COL4A4P53420 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
COL4A4P53420 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
COL4A4P53420 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC31.23■■■□□ 2.59
COL4A4P53420 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC31.22■■■□□ 2.59
COL4A4P53420 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
COL4A4P53420 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC31.16■■■□□ 2.58
COL4A4P53420 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC31.15■■■□□ 2.58
COL4A4P53420 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
COL4A4P53420 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
COL4A4P53420 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
COL4A4P53420 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
COL4A4P53420 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
COL4A4P53420 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC31.1■■■□□ 2.57
COL4A4P53420 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
COL4A4P53420 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC31.06■■■□□ 2.56
COL4A4P53420 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
COL4A4P53420 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC31.03■■■□□ 2.56
COL4A4P53420 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
COL4A4P53420 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
COL4A4P53420 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.56
COL4A4P53420 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
COL4A4P53420 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC31■■■□□ 2.55
COL4A4P53420 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC30.98■■■□□ 2.55
COL4A4P53420 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
COL4A4P53420 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
COL4A4P53420 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC30.94■■■□□ 2.54
COL4A4P53420 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
COL4A4P53420 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
COL4A4P53420 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
COL4A4P53420 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
COL4A4P53420 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
COL4A4P53420 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC30.8■■■□□ 2.52
COL4A4P53420 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
COL4A4P53420 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.52
COL4A4P53420 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
COL4A4P53420 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
COL4A4P53420 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC30.74■■■□□ 2.51
COL4A4P53420 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.74■■■□□ 2.51
COL4A4P53420 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC30.73■■■□□ 2.51
COL4A4P53420 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
COL4A4P53420 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC30.71■■■□□ 2.51
COL4A4P53420 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
COL4A4P53420 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC30.63■■■□□ 2.49
COL4A4P53420 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC30.62■■■□□ 2.49
COL4A4P53420 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
COL4A4P53420 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
COL4A4P53420 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC30.61■■■□□ 2.49
COL4A4P53420 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.6■■■□□ 2.49
COL4A4P53420 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC30.6■■■□□ 2.49
COL4A4P53420 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
COL4A4P53420 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
COL4A4P53420 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
COL4A4P53420 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC30.55■■■□□ 2.48
COL4A4P53420 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC30.55■■■□□ 2.48
COL4A4P53420 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
COL4A4P53420 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
COL4A4P53420 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
COL4A4P53420 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
COL4A4P53420 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
COL4A4P53420 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
COL4A4P53420 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
COL4A4P53420 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms