Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
MSX1P28360 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
MSX1P28360 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
MSX1P28360 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
MSX1P28360 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
MSX1P28360 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
MSX1P28360 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
MSX1P28360 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
MSX1P28360 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
MSX1P28360 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
MSX1P28360 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
MSX1P28360 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
MSX1P28360 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
MSX1P28360 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
MSX1P28360 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
MSX1P28360 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
MSX1P28360 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
MSX1P28360 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
MSX1P28360 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
MSX1P28360 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
MSX1P28360 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
MSX1P28360 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
MSX1P28360 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
MSX1P28360 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
MSX1P28360 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
MSX1P28360 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
MSX1P28360 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
MSX1P28360 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
MSX1P28360 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
MSX1P28360 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
MSX1P28360 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
MSX1P28360 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
MSX1P28360 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC26.06■■□□□ 1.76
MSX1P28360 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
MSX1P28360 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
MSX1P28360 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
MSX1P28360 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
MSX1P28360 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
MSX1P28360 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
MSX1P28360 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
MSX1P28360 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
MSX1P28360 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
MSX1P28360 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
MSX1P28360 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
MSX1P28360 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
MSX1P28360 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
MSX1P28360 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
MSX1P28360 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
MSX1P28360 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
MSX1P28360 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
MSX1P28360 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
MSX1P28360 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
MSX1P28360 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
MSX1P28360 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
MSX1P28360 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
MSX1P28360 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
MSX1P28360 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
MSX1P28360 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
MSX1P28360 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
MSX1P28360 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSX1P28360 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSX1P28360 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSX1P28360 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
MSX1P28360 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
MSX1P28360 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
MSX1P28360 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
MSX1P28360 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
MSX1P28360 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
MSX1P28360 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
MSX1P28360 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
MSX1P28360 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
MSX1P28360 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
MSX1P28360 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
MSX1P28360 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
MSX1P28360 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
MSX1P28360 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.69
MSX1P28360 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSX1P28360 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSX1P28360 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
MSX1P28360 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSX1P28360 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSX1P28360 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSX1P28360 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSX1P28360 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
MSX1P28360 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
MSX1P28360 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
MSX1P28360 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
MSX1P28360 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
MSX1P28360 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
MSX1P28360 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
MSX1P28360 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
MSX1P28360 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
MSX1P28360 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
MSX1P28360 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
MSX1P28360 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
MSX1P28360 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
MSX1P28360 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
MSX1P28360 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
MSX1P28360 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
MSX1P28360 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms