Protein–RNA interactions for Protein: P08247

SYP, Synaptophysin, humanhuman

Predictions only

Length 313 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYPP08247 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SYPP08247 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
SYPP08247 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
SYPP08247 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
SYPP08247 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SYPP08247 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SYPP08247 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SYPP08247 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SYPP08247 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SYPP08247 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SYPP08247 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SYPP08247 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
SYPP08247 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SYPP08247 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SYPP08247 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
SYPP08247 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SYPP08247 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SYPP08247 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
SYPP08247 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
SYPP08247 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SYPP08247 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
SYPP08247 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SYPP08247 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
SYPP08247 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
SYPP08247 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SYPP08247 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SYPP08247 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SYPP08247 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SYPP08247 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SYPP08247 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
SYPP08247 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
SYPP08247 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYPP08247 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYPP08247 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYPP08247 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
SYPP08247 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SYPP08247 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SYPP08247 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SYPP08247 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SYPP08247 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SYPP08247 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
SYPP08247 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SYPP08247 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
SYPP08247 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SYPP08247 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SYPP08247 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SYPP08247 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SYPP08247 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
SYPP08247 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYPP08247 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
SYPP08247 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYPP08247 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYPP08247 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYPP08247 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYPP08247 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYPP08247 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYPP08247 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
SYPP08247 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYPP08247 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYPP08247 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYPP08247 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYPP08247 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYPP08247 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYPP08247 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYPP08247 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYPP08247 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYPP08247 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SYPP08247 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYPP08247 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYPP08247 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SYPP08247 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYPP08247 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SYPP08247 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SYPP08247 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SYPP08247 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SYPP08247 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SYPP08247 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SYPP08247 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SYPP08247 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SYPP08247 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SYPP08247 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
SYPP08247 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SYPP08247 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SYPP08247 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
SYPP08247 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
SYPP08247 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
SYPP08247 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SYPP08247 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SYPP08247 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SYPP08247 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SYPP08247 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SYPP08247 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
SYPP08247 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
SYPP08247 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYPP08247 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SYPP08247 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SYPP08247 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
SYPP08247 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SYPP08247 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SYPP08247 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.6 ms