Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
SPTA1P02549 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SPTA1P02549 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SPTA1P02549 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SPTA1P02549 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SPTA1P02549 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SPTA1P02549 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
SPTA1P02549 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
SPTA1P02549 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SPTA1P02549 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SPTA1P02549 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SPTA1P02549 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
SPTA1P02549 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
SPTA1P02549 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SPTA1P02549 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SPTA1P02549 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SPTA1P02549 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
SPTA1P02549 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SPTA1P02549 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
SPTA1P02549 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SPTA1P02549 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
SPTA1P02549 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SPTA1P02549 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SPTA1P02549 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SPTA1P02549 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SPTA1P02549 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SPTA1P02549 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SPTA1P02549 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SPTA1P02549 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
SPTA1P02549 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SPTA1P02549 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SPTA1P02549 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SPTA1P02549 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SPTA1P02549 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SPTA1P02549 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SPTA1P02549 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SPTA1P02549 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SPTA1P02549 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SPTA1P02549 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SPTA1P02549 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SPTA1P02549 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
SPTA1P02549 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SPTA1P02549 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SPTA1P02549 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SPTA1P02549 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SPTA1P02549 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SPTA1P02549 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SPTA1P02549 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SPTA1P02549 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SPTA1P02549 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SPTA1P02549 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SPTA1P02549 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
SPTA1P02549 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SPTA1P02549 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SPTA1P02549 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
SPTA1P02549 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SPTA1P02549 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SPTA1P02549 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SPTA1P02549 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SPTA1P02549 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SPTA1P02549 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SPTA1P02549 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SPTA1P02549 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SPTA1P02549 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
SPTA1P02549 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SPTA1P02549 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SPTA1P02549 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SPTA1P02549 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SPTA1P02549 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
SPTA1P02549 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SPTA1P02549 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SPTA1P02549 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SPTA1P02549 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
SPTA1P02549 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SPTA1P02549 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
SPTA1P02549 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SPTA1P02549 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SPTA1P02549 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SPTA1P02549 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SPTA1P02549 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SPTA1P02549 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SPTA1P02549 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
SPTA1P02549 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SPTA1P02549 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SPTA1P02549 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
SPTA1P02549 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SPTA1P02549 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
SPTA1P02549 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SPTA1P02549 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SPTA1P02549 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SPTA1P02549 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SPTA1P02549 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SPTA1P02549 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SPTA1P02549 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SPTA1P02549 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SPTA1P02549 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SPTA1P02549 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SPTA1P02549 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SPTA1P02549 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
SPTA1P02549 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.7 ms