Protein–RNA interactions for Protein: H3BSU7

TMX2-CTNND1, TMX2-CTNND1 readthrough (NMD candidate), humanhuman

Predictions only

Length 103 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMX2-CTNND1H3BSU7 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
TMX2-CTNND1H3BSU7 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
TMX2-CTNND1H3BSU7 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
TMX2-CTNND1H3BSU7 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TMX2-CTNND1H3BSU7 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TMX2-CTNND1H3BSU7 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TMX2-CTNND1H3BSU7 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TMX2-CTNND1H3BSU7 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
TMX2-CTNND1H3BSU7 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
TMX2-CTNND1H3BSU7 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
TMX2-CTNND1H3BSU7 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TMX2-CTNND1H3BSU7 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TMX2-CTNND1H3BSU7 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TMX2-CTNND1H3BSU7 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
TMX2-CTNND1H3BSU7 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TMX2-CTNND1H3BSU7 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
TMX2-CTNND1H3BSU7 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TMX2-CTNND1H3BSU7 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TMX2-CTNND1H3BSU7 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
TMX2-CTNND1H3BSU7 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TMX2-CTNND1H3BSU7 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
TMX2-CTNND1H3BSU7 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
TMX2-CTNND1H3BSU7 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TMX2-CTNND1H3BSU7 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TMX2-CTNND1H3BSU7 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TMX2-CTNND1H3BSU7 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TMX2-CTNND1H3BSU7 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TMX2-CTNND1H3BSU7 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TMX2-CTNND1H3BSU7 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
TMX2-CTNND1H3BSU7 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
TMX2-CTNND1H3BSU7 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
TMX2-CTNND1H3BSU7 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
TMX2-CTNND1H3BSU7 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TMX2-CTNND1H3BSU7 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
TMX2-CTNND1H3BSU7 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TMX2-CTNND1H3BSU7 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
TMX2-CTNND1H3BSU7 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TMX2-CTNND1H3BSU7 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
TMX2-CTNND1H3BSU7 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TMX2-CTNND1H3BSU7 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TMX2-CTNND1H3BSU7 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TMX2-CTNND1H3BSU7 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
TMX2-CTNND1H3BSU7 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
TMX2-CTNND1H3BSU7 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TMX2-CTNND1H3BSU7 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TMX2-CTNND1H3BSU7 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TMX2-CTNND1H3BSU7 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
TMX2-CTNND1H3BSU7 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
TMX2-CTNND1H3BSU7 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
TMX2-CTNND1H3BSU7 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
TMX2-CTNND1H3BSU7 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
TMX2-CTNND1H3BSU7 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC27.62■■■□□ 2.01
TMX2-CTNND1H3BSU7 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TMX2-CTNND1H3BSU7 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TMX2-CTNND1H3BSU7 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
TMX2-CTNND1H3BSU7 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
TMX2-CTNND1H3BSU7 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
TMX2-CTNND1H3BSU7 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
TMX2-CTNND1H3BSU7 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC27.54■■■□□ 2
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
TMX2-CTNND1H3BSU7 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
TMX2-CTNND1H3BSU7 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TMX2-CTNND1H3BSU7 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
TMX2-CTNND1H3BSU7 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TMX2-CTNND1H3BSU7 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
TMX2-CTNND1H3BSU7 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TMX2-CTNND1H3BSU7 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
TMX2-CTNND1H3BSU7 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
TMX2-CTNND1H3BSU7 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TMX2-CTNND1H3BSU7 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TMX2-CTNND1H3BSU7 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
TMX2-CTNND1H3BSU7 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TMX2-CTNND1H3BSU7 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TMX2-CTNND1H3BSU7 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TMX2-CTNND1H3BSU7 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TMX2-CTNND1H3BSU7 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TMX2-CTNND1H3BSU7 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TMX2-CTNND1H3BSU7 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TMX2-CTNND1H3BSU7 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TMX2-CTNND1H3BSU7 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TMX2-CTNND1H3BSU7 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TMX2-CTNND1H3BSU7 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TMX2-CTNND1H3BSU7 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TMX2-CTNND1H3BSU7 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TMX2-CTNND1H3BSU7 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TMX2-CTNND1H3BSU7 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
TMX2-CTNND1H3BSU7 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
TMX2-CTNND1H3BSU7 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TMX2-CTNND1H3BSU7 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.1 ms