Protein–RNA interactions for Protein: A0A539

TCRBV7S3A2, T-cell receptor beta variable 4-2 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 114 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCRBV7S3A2A0A539 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
TCRBV7S3A2A0A539 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
TCRBV7S3A2A0A539 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TCRBV7S3A2A0A539 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TCRBV7S3A2A0A539 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCRBV7S3A2A0A539 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCRBV7S3A2A0A539 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
TCRBV7S3A2A0A539 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCRBV7S3A2A0A539 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCRBV7S3A2A0A539 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
TCRBV7S3A2A0A539 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
TCRBV7S3A2A0A539 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TCRBV7S3A2A0A539 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TCRBV7S3A2A0A539 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TCRBV7S3A2A0A539 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
TCRBV7S3A2A0A539 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TCRBV7S3A2A0A539 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCRBV7S3A2A0A539 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
TCRBV7S3A2A0A539 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
TCRBV7S3A2A0A539 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCRBV7S3A2A0A539 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TCRBV7S3A2A0A539 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TCRBV7S3A2A0A539 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TCRBV7S3A2A0A539 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
TCRBV7S3A2A0A539 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
TCRBV7S3A2A0A539 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
TCRBV7S3A2A0A539 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
TCRBV7S3A2A0A539 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
TCRBV7S3A2A0A539 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
TCRBV7S3A2A0A539 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
TCRBV7S3A2A0A539 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
TCRBV7S3A2A0A539 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TCRBV7S3A2A0A539 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TCRBV7S3A2A0A539 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
TCRBV7S3A2A0A539 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
TCRBV7S3A2A0A539 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TCRBV7S3A2A0A539 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
TCRBV7S3A2A0A539 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
TCRBV7S3A2A0A539 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
TCRBV7S3A2A0A539 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TCRBV7S3A2A0A539 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TCRBV7S3A2A0A539 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
TCRBV7S3A2A0A539 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCRBV7S3A2A0A539 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCRBV7S3A2A0A539 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TCRBV7S3A2A0A539 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TCRBV7S3A2A0A539 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TCRBV7S3A2A0A539 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCRBV7S3A2A0A539 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCRBV7S3A2A0A539 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCRBV7S3A2A0A539 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TCRBV7S3A2A0A539 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCRBV7S3A2A0A539 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TCRBV7S3A2A0A539 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
TCRBV7S3A2A0A539 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCRBV7S3A2A0A539 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TCRBV7S3A2A0A539 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCRBV7S3A2A0A539 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCRBV7S3A2A0A539 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCRBV7S3A2A0A539 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
TCRBV7S3A2A0A539 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TCRBV7S3A2A0A539 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
TCRBV7S3A2A0A539 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
TCRBV7S3A2A0A539 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCRBV7S3A2A0A539 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCRBV7S3A2A0A539 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TCRBV7S3A2A0A539 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TCRBV7S3A2A0A539 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TCRBV7S3A2A0A539 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TCRBV7S3A2A0A539 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TCRBV7S3A2A0A539 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TCRBV7S3A2A0A539 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
TCRBV7S3A2A0A539 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
TCRBV7S3A2A0A539 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
TCRBV7S3A2A0A539 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCRBV7S3A2A0A539 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCRBV7S3A2A0A539 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TCRBV7S3A2A0A539 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TCRBV7S3A2A0A539 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
TCRBV7S3A2A0A539 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
TCRBV7S3A2A0A539 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
TCRBV7S3A2A0A539 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TCRBV7S3A2A0A539 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
TCRBV7S3A2A0A539 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCRBV7S3A2A0A539 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCRBV7S3A2A0A539 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TCRBV7S3A2A0A539 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCRBV7S3A2A0A539 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCRBV7S3A2A0A539 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCRBV7S3A2A0A539 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCRBV7S3A2A0A539 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCRBV7S3A2A0A539 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TCRBV7S3A2A0A539 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TCRBV7S3A2A0A539 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
TCRBV7S3A2A0A539 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TCRBV7S3A2A0A539 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
TCRBV7S3A2A0A539 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms