Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB46-201ENST00000245663 5185 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.6 ms