Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CNN2P2-201ENST00000443536 909 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CNN2P3-201ENST00000450201 906 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ORAI2-205ENST00000478730 5531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AL136317.3-201ENST00000618497 906 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.1 ms