Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP3Q9Y6I4 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP3Q9Y6I4 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP3Q9Y6I4 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.6 ms