Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX56Q9NY93 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
DDX56Q9NY93 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
DDX56Q9NY93 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
DDX56Q9NY93 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
DDX56Q9NY93 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
DDX56Q9NY93 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
DDX56Q9NY93 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
DDX56Q9NY93 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
DDX56Q9NY93 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
DDX56Q9NY93 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
DDX56Q9NY93 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
DDX56Q9NY93 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms