Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC23■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC3Q9BQI4 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.9 ms