Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
USP28Q96RU2 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC27■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC27■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
USP28Q96RU2 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.1 ms