Protein–RNA interactions for Protein: Q13185

CBX3, Chromobox protein homolog 3, humanhuman

Predictions only

Length 183 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CBX3Q13185 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CBX3Q13185 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CBX3Q13185 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CBX3Q13185 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CBX3Q13185 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CBX3Q13185 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CBX3Q13185 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms