Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG3P49916 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG3P49916 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG3P49916 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG3P49916 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG3P49916 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG3P49916 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG3P49916 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG3P49916 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG3P49916 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG3P49916 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG3P49916 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG3P49916 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG3P49916 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG3P49916 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG3P49916 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG3P49916 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG3P49916 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG3P49916 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG3P49916 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG3P49916 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
LIG3P49916 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG3P49916 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG3P49916 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG3P49916 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG3P49916 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG3P49916 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG3P49916 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG3P49916 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIG3P49916 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIG3P49916 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
LIG3P49916 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG3P49916 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG3P49916 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG3P49916 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG3P49916 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG3P49916 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG3P49916 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG3P49916 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG3P49916 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG3P49916 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG3P49916 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG3P49916 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG3P49916 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG3P49916 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG3P49916 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG3P49916 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG3P49916 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG3P49916 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG3P49916 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG3P49916 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG3P49916 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG3P49916 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG3P49916 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG3P49916 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG3P49916 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG3P49916 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG3P49916 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG3P49916 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIG3P49916 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIG3P49916 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIG3P49916 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIG3P49916 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIG3P49916 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIG3P49916 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
LIG3P49916 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIG3P49916 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIG3P49916 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG3P49916 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG3P49916 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG3P49916 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG3P49916 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG3P49916 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG3P49916 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG3P49916 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG3P49916 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG3P49916 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG3P49916 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG3P49916 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG3P49916 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG3P49916 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG3P49916 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG3P49916 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG3P49916 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG3P49916 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG3P49916 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG3P49916 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms