Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC40.38■■■■■ 4.06
CUX1P39880 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC40.38■■■■■ 4.05
CUX1P39880 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.37■■■■■ 4.05
CUX1P39880 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.37■■■■■ 4.05
CUX1P39880 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC40.37■■■■■ 4.05
CUX1P39880 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC40.37■■■■■ 4.05
CUX1P39880 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC40.37■■■■■ 4.05
CUX1P39880 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.37■■■■■ 4.05
CUX1P39880 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC40.36■■■■■ 4.05
CUX1P39880 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.36■■■■■ 4.05
CUX1P39880 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC40.36■■■■■ 4.05
CUX1P39880 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC40.36■■■■■ 4.05
CUX1P39880 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC40.36■■■■■ 4.05
CUX1P39880 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC40.36■■■■■ 4.05
CUX1P39880 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.36■■■■■ 4.05
CUX1P39880 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
CUX1P39880 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC40.35■■■■■ 4.05
CUX1P39880 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
CUX1P39880 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC40.34■■■■■ 4.05
CUX1P39880 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC40.34■■■■■ 4.05
CUX1P39880 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC40.34■■■■■ 4.05
CUX1P39880 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC40.34■■■■■ 4.05
CUX1P39880 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC40.33■■■■■ 4.05
CUX1P39880 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC40.32■■■■■ 4.05
CUX1P39880 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC40.32■■■■■ 4.05
CUX1P39880 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
CUX1P39880 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
CUX1P39880 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
CUX1P39880 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
CUX1P39880 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.32■■■■■ 4.04
CUX1P39880 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC40.32■■■■■ 4.04
CUX1P39880 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC40.32■■■■■ 4.04
CUX1P39880 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC40.32■■■■■ 4.04
CUX1P39880 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC40.32■■■■■ 4.04
CUX1P39880 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.31■■■■■ 4.04
CUX1P39880 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.31■■■■■ 4.04
CUX1P39880 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC40.31■■■■■ 4.04
CUX1P39880 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.31■■■■■ 4.04
CUX1P39880 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.31■■■■■ 4.04
CUX1P39880 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.3■■■■■ 4.04
CUX1P39880 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC40.3■■■■■ 4.04
CUX1P39880 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC40.29■■■■■ 4.04
CUX1P39880 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC40.29■■■■■ 4.04
CUX1P39880 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC40.29■■■■■ 4.04
CUX1P39880 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC40.27■■■■■ 4.04
CUX1P39880 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC40.27■■■■■ 4.04
CUX1P39880 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.26■■■■■ 4.04
CUX1P39880 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.26■■■■■ 4.04
CUX1P39880 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC40.26■■■■■ 4.04
CUX1P39880 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC40.26■■■■■ 4.04
CUX1P39880 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.26■■■■■ 4.04
CUX1P39880 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.26■■■■■ 4.04
CUX1P39880 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.26■■■■■ 4.03
CUX1P39880 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC40.25■■■■■ 4.03
CUX1P39880 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC40.25■■■■■ 4.03
CUX1P39880 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC40.24■■■■■ 4.03
CUX1P39880 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC40.23■■■■■ 4.03
CUX1P39880 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC40.23■■■■■ 4.03
CUX1P39880 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC40.23■■■■■ 4.03
CUX1P39880 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC40.23■■■■■ 4.03
CUX1P39880 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.23■■■■■ 4.03
CUX1P39880 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC40.23■■■■■ 4.03
CUX1P39880 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.23■■■■■ 4.03
CUX1P39880 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.23■■■■■ 4.03
CUX1P39880 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC40.23■■■■■ 4.03
CUX1P39880 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC40.22■■■■■ 4.03
CUX1P39880 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC40.22■■■■■ 4.03
CUX1P39880 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC40.22■■■■■ 4.03
CUX1P39880 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC40.22■■■■■ 4.03
CUX1P39880 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.22■■■■■ 4.03
CUX1P39880 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC40.21■■■■■ 4.03
CUX1P39880 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC40.21■■■■■ 4.03
CUX1P39880 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC40.21■■■■■ 4.03
CUX1P39880 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.21■■■■■ 4.03
CUX1P39880 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC40.2■■■■■ 4.03
CUX1P39880 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.2■■■■■ 4.03
CUX1P39880 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC40.2■■■■■ 4.03
CUX1P39880 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC40.2■■■■■ 4.03
CUX1P39880 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.02
CUX1P39880 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.19■■■■■ 4.02
CUX1P39880 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.02
CUX1P39880 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.02
CUX1P39880 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.02
CUX1P39880 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.02
CUX1P39880 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC40.18■■■■■ 4.02
CUX1P39880 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC40.18■■■■■ 4.02
CUX1P39880 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.18■■■■■ 4.02
CUX1P39880 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.17■■■■■ 4.02
CUX1P39880 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC40.17■■■■■ 4.02
CUX1P39880 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC40.16■■■■■ 4.02
CUX1P39880 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC40.15■■■■■ 4.02
CUX1P39880 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.14■■■■■ 4.02
CUX1P39880 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC40.14■■■■■ 4.02
CUX1P39880 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.14■■■■■ 4.02
CUX1P39880 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC40.13■■■■■ 4.01
CUX1P39880 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.12■■■■■ 4.01
CUX1P39880 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC40.12■■■■■ 4.01
CUX1P39880 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC40.12■■■■■ 4.01
CUX1P39880 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.12■■■■■ 4.01
CUX1P39880 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.11■■■■■ 4.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms