Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIG1P18858 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIG1P18858 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIG1P18858 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIG1P18858 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIG1P18858 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIG1P18858 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIG1P18858 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIG1P18858 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIG1P18858 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIG1P18858 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
LIG1P18858 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIG1P18858 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIG1P18858 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIG1P18858 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIG1P18858 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIG1P18858 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIG1P18858 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIG1P18858 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIG1P18858 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIG1P18858 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIG1P18858 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIG1P18858 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
LIG1P18858 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG1P18858 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG1P18858 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG1P18858 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG1P18858 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG1P18858 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG1P18858 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG1P18858 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG1P18858 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG1P18858 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG1P18858 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG1P18858 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG1P18858 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG1P18858 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG1P18858 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG1P18858 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG1P18858 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG1P18858 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG1P18858 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG1P18858 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG1P18858 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG1P18858 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG1P18858 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG1P18858 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG1P18858 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG1P18858 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIG1P18858 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIG1P18858 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIG1P18858 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIG1P18858 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIG1P18858 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIG1P18858 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG1P18858 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG1P18858 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG1P18858 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG1P18858 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG1P18858 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG1P18858 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIG1P18858 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIG1P18858 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIG1P18858 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIG1P18858 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIG1P18858 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIG1P18858 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIG1P18858 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
LIG1P18858 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG1P18858 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG1P18858 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG1P18858 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG1P18858 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG1P18858 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG1P18858 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG1P18858 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG1P18858 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG1P18858 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG1P18858 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG1P18858 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG1P18858 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG1P18858 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG1P18858 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG1P18858 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG1P18858 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG1P18858 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG1P18858 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG1P18858 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG1P18858 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG1P18858 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG1P18858 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG1P18858 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG1P18858 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG1P18858 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG1P18858 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG1P18858 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG1P18858 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG1P18858 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG1P18858 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
LIG1P18858 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 154 ms