Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
COL6A1P12109 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
COL6A1P12109 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms