Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
SMARCB1Q12824 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms