Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 RPTOR-201ENST00000306801 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 KMT2E-201ENST00000257745 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ITPKB-201ENST00000272117 5822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PCDHA3-202ENST00000532566 4594 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 OTULIN-201ENST00000284274 7800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PGBD5-201ENST00000391860 10961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 DCTN1-203ENST00000409240 4365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ITSN1-212ENST00000399367 5722 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ABCC10-201ENST00000244533 5088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TNS2-201ENST00000314250 5010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AHCYL2-202ENST00000446544 5026 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SLC25A37-206ENST00000519973 4823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 OSBP2-201ENST00000332585 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 RUNX1T1-246ENST00000523629 7537 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ZSWIM8-221ENST00000604729 6075 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MEF2D-201ENST00000348159 5965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SRD5A2-201ENST00000622030 4648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 UBE3A-207ENST00000614096 8741 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.8 ms