Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 CCHCR1-202ENST00000396263 2490 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 TLDC2-201ENST00000217320 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIMCH1Q9UPQ0 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.2 ms