Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PPP1R26P4-201ENST00000619065 3527 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CNPY1-203ENST00000636372 2259 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CNOT9-208ENST00000542068 3259 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PTPRH-201ENST00000263434 3343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 CYB561-219ENST00000584031 3200 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SYBU-207ENST00000433638 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ARC-201ENST00000356613 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 FABP1-202ENST00000393750 1839 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 GOLGA8DP-202ENST00000341390 2184 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TMCO3-207ENST00000474393 2843 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 CMTM6-201ENST00000205636 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ARVCF-202ENST00000401994 2700 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 LILRP2-201ENST00000413439 2127 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ATG4B-206ENST00000405546 3294 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TTC22-202ENST00000371276 3345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 GAD2-201ENST00000259271 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 MAPK7-203ENST00000395602 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 KCNT1-211ENST00000491806 3678 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 KIAA1211-206ENST00000541073 4117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SLC4A8-204ENST00000514353 3041 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PNPLA5-201ENST00000216177 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.4 ms