Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
NUP88Q99567 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC19.21■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms