Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
LIM2P55344 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIM2P55344 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIM2P55344 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms