Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 LINC01248-201ENST00000458264 468 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AP002748.3-205ENST00000525142 567 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AP002748.3-203ENST00000533502 581 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 RNA5SP423-201ENST00000517127 109 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 PSMC3-212ENST00000602866 1373 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 IFITM3-202ENST00000526811 543 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AC090099.4-201ENST00000527671 1027 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 DERL2-202ENST00000570848 657 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL6A1P12109 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms