Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.6 ms