Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMCH1Q9UPQ0 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIMCH1Q9UPQ0 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.6 ms