Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS28Q9UK41 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms