Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC39Q9UFE4 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC39Q9UFE4 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC27.14■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.9 ms